Semua orang di Clockwork Planet menganggap Naoto Miura sebuah kacang mesin. Setiap saat, setiap hari, dia punya pikiran terhadap gear dan tangannya bermain-main dengan motor mekanik halus. Tapi tak ada seorang pun yang mengerti bagaimana dia bisa mendengar dan merasakan gear dalam beroperasi, bahkan dari jarak jauh. Lalu suatu hari, sebuah gadis jarum jam terjatuh dari langit dan menyebabkan peristiwa yang akan mengguncang seluruh dunia