Tiba-tiba, armada kapal dengan senjata super misterius yang disebut “Armada Kabut” muncul di seluruh dunia. Umat manusia tidak memiliki teknologi untuk melawan armada tersebut, sehingga mereka terusir dari laut…17 tahun setelah perang tersebut, karena alasan tertentu, Gunzou Chihaya dan rekan-rekan krunya menaiki I-401 dan personifikasi (Mental model) dari I-401, Iona, mulai melawan Armada Kabut…